Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms