Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP54Q70EL1 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms