Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ATG4BQ9Y4P1 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms