Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
VPS39Q96JC1 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.4 ms