Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms