Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIM2P55344 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms