Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms