Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms