Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CUX1P39880 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC28.89■■■□□ 2.21
CUX1P39880 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CUX1P39880 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CUX1P39880 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CUX1P39880 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CUX1P39880 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CUX1P39880 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms