Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HDAC4P56524 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms