Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRERF1Q96PN7 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRERF1Q96PN7 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms