Protein–RNA interactions for Protein: P58304

VSX2, Visual system homeobox 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX2P58304 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VSX2P58304 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VSX2P58304 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VSX2P58304 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VSX2P58304 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VSX2P58304 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VSX2P58304 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VSX2P58304 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VSX2P58304 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VSX2P58304 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VSX2P58304 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VSX2P58304 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VSX2P58304 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VSX2P58304 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VSX2P58304 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VSX2P58304 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VSX2P58304 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VSX2P58304 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VSX2P58304 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VSX2P58304 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VSX2P58304 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VSX2P58304 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VSX2P58304 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VSX2P58304 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VSX2P58304 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VSX2P58304 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VSX2P58304 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VSX2P58304 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VSX2P58304 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VSX2P58304 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VSX2P58304 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VSX2P58304 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VSX2P58304 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VSX2P58304 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VSX2P58304 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms