Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG4P49917 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG4P49917 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG4P49917 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG4P49917 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG4P49917 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG4P49917 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG4P49917 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG4P49917 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG4P49917 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG4P49917 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG4P49917 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG4P49917 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG4P49917 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG4P49917 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG4P49917 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG4P49917 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG4P49917 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG4P49917 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG4P49917 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG4P49917 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG4P49917 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG4P49917 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG4P49917 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG4P49917 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIG4P49917 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIG4P49917 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG4P49917 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG4P49917 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG4P49917 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG4P49917 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG4P49917 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG4P49917 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG4P49917 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG4P49917 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG4P49917 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG4P49917 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG4P49917 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG4P49917 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIG4P49917 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIG4P49917 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG4P49917 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG4P49917 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG4P49917 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG4P49917 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG4P49917 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms