Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC3O75056 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC3O75056 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC3O75056 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC3O75056 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SDC3O75056 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC3O75056 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SDC3O75056 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SDC3O75056 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SDC3O75056 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SDC3O75056 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SDC3O75056 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SDC3O75056 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SDC3O75056 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SDC3O75056 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SDC3O75056 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SDC3O75056 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SDC3O75056 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SDC3O75056 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SDC3O75056 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SDC3O75056 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SDC3O75056 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SDC3O75056 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SDC3O75056 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SDC3O75056 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SDC3O75056 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SDC3O75056 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SDC3O75056 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SDC3O75056 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SDC3O75056 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SDC3O75056 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SDC3O75056 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SDC3O75056 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SDC3O75056 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SDC3O75056 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SDC3O75056 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SDC3O75056 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SDC3O75056 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms