Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SHOX2O60902 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11 ms