Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NUP88Q99567 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms