Protein–RNA interactions for Protein: Q14139

UBE4A, Ubiquitin conjugation factor E4 A, humanhuman

Predictions only

Length 1,066 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE4AQ14139 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UBE4AQ14139 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
UBE4AQ14139 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.5 ms