Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SHMT2P34897 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms