Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HIF3AQ9Y2N7 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.8 ms