Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC14.58□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
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