Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG1P18858 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms