Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP47Q96K76 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms