Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP53Q70EK8 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms