Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
PDLIM3Q53GG5 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
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