Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXC9P31274 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms