Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD4P09016 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.9 ms