Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
CCDC28BQ9BUN5 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC28BQ9BUN5 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms