Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms