Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms