Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.08□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.15
RPUSD4Q96CM3 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.16
RPUSD4Q96CM3 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms