Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.5 ms