Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms