Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.8
SCAPERQ9BY12 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SCAPERQ9BY12 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms