Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
MSX1P28360 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms