Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 MFAP3L-202ENST00000393702 1505 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ATXN3L-202ENST00000622204 837 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TAS2R1-201ENST00000382492 1359 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSH5O43196 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 GPR18-202ENST00000397470 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PDZD11-201ENST00000239666 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC135068.1-201ENST00000332663 1084 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CFHR2-201ENST00000367415 1059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LINC01986-201ENST00000440867 590 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 LINC00879-205ENST00000470465 757 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC007527.2-201ENST00000621825 546 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HVCN1-209ENST00000620084 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 SEM1-201ENST00000248566 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSH5O43196 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 RPL5-202ENST00000370321 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC068587.2-201ENST00000478386 781 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC025917.1-202ENST00000566344 635 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC091135.1-201ENST00000585943 307 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AL035587.1-202ENST00000607218 984 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AP000962.2-201ENST00000624971 1101 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSH5O43196 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSH5O43196 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms