Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86 ms