Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
TCOF1Q13428 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
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