Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA1Q96BD8 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA1Q96BD8 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA1Q96BD8 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA1Q96BD8 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms