Protein–RNA interactions for Protein: Q13838

DDX39B, Spliceosome RNA helicase DDX39B, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 428 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX39BQ13838 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms