Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VAMP4O75379 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VAMP4O75379 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms