Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMA1Q9UHB6 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMA1Q9UHB6 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms