Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH9Q9HC56 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH9Q9HC56 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH9Q9HC56 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH9Q9HC56 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
PCDH9Q9HC56 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDH9Q9HC56 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms