Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS35Q96QK1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS35Q96QK1 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms