Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
ERCC4Q92889 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
ERCC4Q92889 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
ERCC4Q92889 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
ERCC4Q92889 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
ERCC4Q92889 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
ERCC4Q92889 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
ERCC4Q92889 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
ERCC4Q92889 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
ERCC4Q92889 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
ERCC4Q92889 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
ERCC4Q92889 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
ERCC4Q92889 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
ERCC4Q92889 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
ERCC4Q92889 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
ERCC4Q92889 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
ERCC4Q92889 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
ERCC4Q92889 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
ERCC4Q92889 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
ERCC4Q92889 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
ERCC4Q92889 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
ERCC4Q92889 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111.7 ms