Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC33.4■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
USP54Q70EL1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC33.27■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
USP54Q70EL1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.25■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC33.24■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
USP54Q70EL1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms