Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SF3A1Q15459 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
SF3A1Q15459 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SF3A1Q15459 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms