Protein–RNA interactions for Protein: Q03395

ROM1, Rod outer segment membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ROM1Q03395 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ROM1Q03395 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
ROM1Q03395 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ROM1Q03395 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
ROM1Q03395 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
ROM1Q03395 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms