Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL7A1Q02388 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL7A1Q02388 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL7A1Q02388 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms