Protein–RNA interactions for Protein: P53667

LIMK1, LIM domain kinase 1, humanhuman

Predictions only

Length 647 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMK1P53667 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMK1P53667 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMK1P53667 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMK1P53667 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMK1P53667 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms