Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COPB1P53618 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COPB1P53618 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COPB1P53618 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
COPB1P53618 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COPB1P53618 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COPB1P53618 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
COPB1P53618 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COPB1P53618 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COPB1P53618 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COPB1P53618 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COPB1P53618 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COPB1P53618 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COPB1P53618 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COPB1P53618 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COPB1P53618 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COPB1P53618 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COPB1P53618 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COPB1P53618 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
COPB1P53618 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COPB1P53618 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COPB1P53618 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COPB1P53618 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COPB1P53618 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COPB1P53618 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
COPB1P53618 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COPB1P53618 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COPB1P53618 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COPB1P53618 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COPB1P53618 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COPB1P53618 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COPB1P53618 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COPB1P53618 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COPB1P53618 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COPB1P53618 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COPB1P53618 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COPB1P53618 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COPB1P53618 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COPB1P53618 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COPB1P53618 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COPB1P53618 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COPB1P53618 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COPB1P53618 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COPB1P53618 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COPB1P53618 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COPB1P53618 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms